Забудьте все эти выкрутасы с подстроками, добавлениями и т.д. Это же шелл, а не бэйсик какой-нибудь.
Вот код и ответ на вопрос с примерами для всех трех возможных положений:
package=\"debhelper\"
$ echo \"Depends: debhelper (>> 3.0.0), groff, gettext, texinfo, libssl-dev (>= 0.9.8), dpatch\" | sed \"s/$package[^,]*,* *//;s/,[ ]*$//\"
Depends: groff, gettext, texinfo, libssl-dev (>= 0.9.8), dpatch
$ echo \"Depends: groff, gettext, debhelper (>> 3.0.0), texinfo, libssl-dev (>= 0.9.8), dpatch\" | sed \"s/$package[^,]*,* *//;s/,[ ]*$//\"
Depends: groff, gettext, texinfo, libssl-dev (>= 0.9.8), dpatch
$ echo \"Depends: groff, gettext, texinfo, libssl-dev (>= 0.9.8), dpatch, debhelper (>> 3.0.0)\" | sed \"s/$package[^,]*,* *//;s/,[ ]*$//\"
Depends: groff, gettext, texinfo, libssl-dev (>= 0.9.8), dpatch
Кстати, если вы еще и из файла читаете построчно только для этого, а потом пишете в другой, то этого тоже не нужно делать.
sed умеет делать подстановку в файле самостоятельно.